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O principal objetivo do plano de preparação é reduzir a morbidez e a mortalidade da chikungunya e da dengue. Consequentemente, o foco durante a fase epidémica é a contenção e a mitigação, enquanto durante a fase epidémica quiescente se pretende o alerta precoce por vigilância e controlo. Assim, os objetivos de vigilância serão, portanto, diferentes em cada fase.